Celem badania było rozpoznanie, czy nauczanie religii w szkole nie wywołuje negatywnych zjawisk społecznych oraz czy w odczuciu badanej młodzieży narusza zasadę wolności sumienia i wyznania w szkołach. Celem było również zgromadzenie informacji na temat szczególnych przypadków naruszeń wolności sumienia i wyznania w szkołach publicznych (wywiady), dokonanie analizy wybranych podręczników szkolnych i książek zalecanych do nauki przedmiotów związanych z przekazywaniem wiedzy i postaw (np. filozofia, etyka, wiedza o społeczeństwie, wychowanie do życia w rodzinie) oraz dokonanie analizy dokumentów i prasy dotyczących religii w szkole. Badaniem metodą ankiety audytoryjnej (kwestionariusz opracowany przez W. Pawlika) objęto 3791 uczniów klas ósmych z 65 szkół podstawowych oraz trzecich klas z 32 zasadniczych szkół zawodowych, 34 liceów ogólnokształcących, 34 techników i liceów zawodowych (dobór celowy; 1978 dziewcząt, 1797 chłopców; 34% badanych z Warszawy, 27,2% z województwa białostockiego, 20,7% z  bielskiego, 17,4% z łódzkiego); metodą pogłębionego wywiadu – 28 osób, głównie rodziców i nauczycieli, a także uczniów szkół ponadpodstawowych. Wyniki ankiety: 84,8% uczęszczało na lekcje religii, 0,3% na lekcje etyki, 14,3% na żadne z nich; uczęszczanie na lekcje religii wynikało z wiary i chęci jej pogłębienia – 53,6%, uważania tego za obowiązek religijny – 47%, ciekawości, potrzeby poszerzenia wiedzy religijnej – 30,5%; zdaniem badanych ich rówieśnicy chodzili na religię, ponieważ był to ich obowiązek religijny – 43%, z przyzwyczajenia – 34,1%, nie chcieli mieć w przyszłości kłopotów związanych z brakiem oceny z religii – 33,2%, kazali im rodzice – 28,9%; na lekcje etyki badani nie uczęszczali, ponieważ wystarczały im lekcje religii – 40,1%, nikt im tego nie zaproponował – 22,9%, w szkole nie było takich lekcji – 19,3%; 52,5% zgodziło się, że wyznawcy wszystkich religii powinni mieć swoje własne lekcje religii w szkole, 33,4% – że w szkole w ogóle nie powinno być religii; opinie o wpisywaniu religii na świadectwie szkolnym były dość równomiernie rozłożone; 40,7% uznało, że likwidacja oceny ze świadectwa nie zmieniłaby uczestnictwa klasy w katechezie; w razie możliwości wyboru 39,8% chciało uczęszczać na lekcje religii, 33,7% na lekcje religioznawstwa; 69% stwierdziło, że uczniowie uczęszczający na lekcje religii odnosili się do nieuczęszczających tak jak do innych, 69,5% potwierdziło to dla stosunku nieuczęszczających do uczęszczających; według 78,2% uczęszczanie lub nie na lekcje religii nie było nigdy problemem w ich klasie, dla 16,3% – było problemem kilka razy; zdaniem 65,2% badanych ich koledzy uczęszczali na religię w szkole, zdaniem 29,7% – kilku tak, kilku nie; dla 84,3% nie miało znaczenia, jaką religię wyznają bliscy koledzy, dla 55,7% – członkowie rodziny; według 51,7% decyzja o uczęszczaniu na religię była ich własna, według 12,5% była to decyzja rodziców, według 12,3% – wspólna; fakt uczęszczania lub nie na lekcje religii miał znaczenie dla bliskich kolegów – według 11,6%, dla rodziców bliskich kolegów – 24,3%, rodziców – 66,1%, rodziny – 55,1%, wychowawcy – 17,1%; w klasie na lekcje religii według 46,3% badanych uczęszczali wszyscy lub prawie wszyscy, według 32,8% raczej większość; 68,3% określiło się jako głęboko wierzących, 16,3% jako niezdecydowanych; 75,9% identyfikowało się z wyznaniem katolickim, 8,4% z prawosławnym, 5,8% z żadnym, 5,1% z ewangelicko-augsburskim. Zmienne takie jak płeć, region kraju, wielkość miasta różnicowały wyniki o najwyżej kilka punktów procentowych. Wyniki wywiadów przedstawiały się następująco: według większości badanych wprowadzenie religii do szkół wytworzyło nową sytuację związaną z koniecznością ujawniania swojej identyfikacji religijnej; decyzje o uczęszczaniu lub nie na religię nabrały charakteru „publicznego”, co było przedmiotem wielu protestów, naruszało to prawo do nieujawniania przekonań religijnych; konsekwencje doświadczania inności nie zawsze były negatywne; przypadki otwartej nietolerancji nie były wśród uczniów częste, skarżono się bardziej na przymus kulturowy i instytucjonalny; wielu rodziców przejawiało konformizm, aby oszczędzić dzieciom stresów; przepisy dotyczące nauczania religii były różnie interpretowane, stwarzano trudności w organizacji lekcji etyki; konflikty ze szkołą niemal zawsze kończyły się ich wyciszeniem lub odejściem ucznia do innej szkoły, klasy, rodzice woleli rozwiązania polubowne niż strategie konfrontacyjne; katecheci wykraczali poza swoje kompetencje; rodzice nieidentyfikujący się z religią katolicką i posyłający dzieci na lekcje mieli czasem poczucie nieautonomicznego wyboru i naruszenia swojego prawa do wychowania zgodnie z własnym światopoglądem oraz poczucie, że nieuczęszczanie dziecka na lekcje narazi je na ponoszenie kosztów psychologicznych; problem niezrozumienia miał aspekt organizacyjny i psychologiczny; rodzice zgłaszający się do nauczycieli i katechetów mieli poczucie nierozumienia przez nich problemów. Analiza podręczników szkolnych i materiałów pomocniczych ujawniała, że nie wszystkie pozycje spełniały wymóg neutralności światopoglądowej (przekazywania uniwersalnych wartości) a niektóre z nich mogły być określone jako jednostronne i przez to "o ograniczonym zakresie stosowania". Zasrzeżenia te dotyczyły przede wszystkim materiałów pomocniczych, w najmniejszym stopniu zaś podręczników szkolnych do wiedzy o społeczeństwie. Analiza dokumentów i wycinków prasowych pozwoliła z kolei stwierdzić, że w pierwszym okresie wprowadzenia religii do szkół konflikty dotyczyły istoty funkcjonowania systemu szkolnego i zasady rozdziału między kościołem i państwem. W okresie poprzedzającym badanie liczba protestów i publikacji dotyczących religii w szkole zmalała i skupiała się bardziej na naruszeniach obowiązujących regulacji prawnych niż samych tych regulacji. Sformułowano postulaty dotyczące m.in.: likwidacji stopnia z religii na świadectwie; przestrzegania zasady odbywania lekcji religii na początku lub końcu zajęć; wprowadzenia przedmiotu religioznawstwo; zapewnienia uczniom pełnej oferty programowej i informacji; dokładnego zaznajomienia kadry z odpowiednimi przepisami oświatowymi, prawami człowieka; ustalenia praktyki informowania rodziców i uczniów o przepisach związanych z uczestnictwem lub nie w lekcjach; określenia odpowiedzialności szkoły za postępowanie katechetów; egzekwowania obowiązku zapewnienia opieki uczniom nieuczęszczającym na religię.