Poszukiwano odpowiedzi na następujące pytanie badawcze: Jaki jest poziom osiągnięć uczniów klasy III w kształceniu zintegrowanym w stosunku do celów zakładanych przez reformę z roku 1999? Do zebrania materiału badawczego wykorzystano metodę testu osiągnięć szkolnych i testy sprawdzające umiejętności trzecioklasistów. Badanie właściwe poprzedzono pilotażem w grudniu 2004 roku. W badaniu pilotażowym i właściwym uczestniczyło łącznie blisko 260 uczniów z kilkunastu szkół podstawowych. Jedynie kilkanaście procent trzecioklasistów było w stanie rozwiązać zadania problemowe, wymagające wiązania kilku przypadków i uwzględniania wcześniejszych wniosków. Blisko 20% uczniów potrafiło rozwiązać zadania dotyczące czytania ze zrozumieniem połączonego z przekształcaniem informacji, stosowaniem jej w zmienionej sytuacji. Około 30% uczniów poprawnie rozwiązało zadania związane ze stosowaniem wiedzy w praktyce. Wyniki dotyczące poszczególnych typów zadań pozwoliły sądzić, że system integralnego kształcenia nie spełnia zakładanych w reformie z 1999 roku celów. Uczniowie bowiem prezentują braki w krytycznej postawie, samoocenie swoich rozwiązań, także w umiejętności wiązania faktów i całościowego podejścia do problemu. Okazało się, że trzecioklasiści lepiej wypadli w cząstkowych składowych zadaniach niż w całych zadaniach.