Przedmiot badawczy stanowiła diagnoza umiejętności gimnazjalistów w zakresie przedmiotów przyrodniczych (biologia, chemia, fizyka, geografia) w kontekście podstawy programowej. Zaplanowano cztery cykle badania (w 2011, 2012, 2013 i 2014 roku). Zgodnie z założeniami w każdym cyklu weźmie udział 180 szkół (w każdej 2 oddziały na poziomie klasy pierwszej). Dobór próby ma charakter losowy. Do zebrania materiału wykorzystano specjalnie opracowany test kognitywny, w którego skład wchodziły zadania oraz kwestionariusz ucznia. Wyniki testu oceniono za pomocą KTT (klasycznej teorii testu). Wykorzystano także analizy: metodą IRT oraz zróżnicowanego funkcjonowania zadań DIF. Na podstawie uzyskanych danych z pierwszego cyklu stwierdzono, że 22% badanych uczniów zdecydowanie zgadza się ze stwierdzeniem: gimnazjum, do którego uczęszczałaś/eś..., pomogło Ci rozwinąć umiejętność samodzielnego myślenia. Ponadto w biologicznej części testu okazało się, że trudność stanowiły zadania tzw. na przyporządkowanie, a także określanie związków przyczynowo-skutkowych. Jednym z problemów podczas wykonywania zadań z chemii było używanie nomenklatury i terminologii przedmiotowej. Poziom odczytywania i interpretacji wyników przedstawionych w teście z fizyki nie stanowił problemu dla badanych uczniów. W geograficznej części testu najtrudniejsze dla uczniów były zadania weryfikujące rozumowanie.